Tα τελευταία χρόνια το Πρόγραμμα, εκτός από την δική του ερευνητική δραστηριότητα, συνεργάστηκε με το μεγάλο project ''Pour une Grande Histoire des Balkans des Origines aux Guerres Balkaniques'' της Association Internationale d'études du Sud-est Européen, υπό την διεύθυνση της Hélène Antoniadis-Bibicou και του André Guillou. Aπό το project αυτό προέκυψε το 2004 ο πρώτος τόμος με θέμα: Espaces-Peuples-Langues, στον οποίο περιλαμβάνεται και η συμβολή του Προγράμματος ''Bυζάντιο και Σλαβοβαλκανικός Κόσμος'' με το θέμα ''Les invasions dans les Balkans pendant les IVe-VIe siècles''. Στο Πρόγραμμα είχε ενταχθεί το Έργο ''Η Δουναβική μεθόριος και ο κόσμος της'', το οποίο ολοκληρώθηκε το 2008 με την έκδοση ενός συλλογικού τόμου. Ζητήματα σχετικά με τη μεθόριο, τα οποία προσεγγίσθηκαν σε επιμέρους κεφάλαια του τόμου είναι: η γεωγραφική θέση και γεωφυσική διαμόρφωση των φυσικών συνόρων, οι μηχανισμοί και τα μέσα ελέγχου της προσπέλασής τους ή τα φυσικά και τεχνικά μέσα για την διέλευσή τους, η γεωπολιτική σημασία των εκατέρωθεν μεθοριακών περιοχών, η μελέτη των μεθοριακών ζωνών ως διαχωριστικών γραμμών ή ως γεφυρών επικοινωνίας, η ορολογία και ονοματολογία των συνόρων, οι συμβολισμοί και η ιδεολογία που εμπεριέχει η αναφορά τους στις πηγές, η στάση των ανθρώπων της μεθορίου απέναντι στους ξένους αλλά και την κεντρική εξουσία, οι μετακινήσεις συνοριακών πληθυσμών, οι αλληλοδιεκδικήσεις συνοριακών κέντρων, η επιβίωση βυζαντινών πόλεων και πληθυσμών σε απωλεσθέντα εδάφη κ.ά. Σε μια εποχή όπως η σημερινή που η έννοια των συνόρων άλλοτε καταρρίπτεται και άλλοτε ορθώνεται απειλητική για τους παραμεθόριους λαούς, η μελέτη ενός αντίστοιχου σε περιεχόμενο παρελθόντος κρίθηκε επίκαιρη και επιτακτική.
Επίσης, στο πλαίσιο του Προγράμματος και στην προοπτική μιας ευρύτερης διεπιστημονικής συνεργασίας έχει ξεκινήσει το νέο Έργο με θέμα: ''Η μετάβαση από την Αρχαιότητα στον Πρώιμο Μεσαίωνα: Το παράδειγμα της Μικράς Σκυθίας (4ος-7ος αι.)''. Στόχος του είναι η ανάδειξη των πολιτισμικών, κοινωνικών και οικονομικών μεταβολών και αλληλεπιδράσεων στη βυζαντινή επαρχία της Μικράς Σκυθίας κατά την Ύστερη Αρχαιότητα, με έμφαση στα παρακάτω ζητήματα: εγκαταστάσεις και συμβίωση πληθυσμών, εμπορικές σχέσεις, ανάπτυξη τοπικών εργαστηρίων, αστικός και αγροτικός χώρος κτλ. Για την υλοποίησή του έχει ήδη πραγματοποιηθεί επιστημονική συζήτηση με Pουμάνους ιστορικούς και αρχαιολόγους, των οποίων οι μακροχρόνιες αρχαιολογικές έρευνες και τα πορίσματα θα συμπληρώσουν τα κενά που υπάρχουν στις φιλολογικές πηγές. Παράλληλα, θα επιδιωχθεί η συνεργασία με επιστήμονες από τη Bουλγαρία και άλλες βαλκανικές χώρες.
Από τη διαχρονική ερευνητική δραστηριότητα συνεργατών του Προγράμματος έχουν εκδοθεί οι παρακάτω τόμοι:
1) Θ. Μπαζαίου-Barabas - Κ. Νικολάου, Ελληνικός χώρος και πρώιμοι Σλάβοι, Βούλγαροι, Σέρβοι (6ος-15ος αι.). Αναλυτική Βιβλιογραφία (1945-1991), Αθήνα 1992, σσ. 95.
2) Σ. Πατούρα, Οι αιχμάλωτοι ως παράγοντες επικοινωνίας και πληροφόρησης (4ος-10ος αι.), Αθήνα 1994, σσ. 174.
3) Βυζάντιο και Σερβία. Πρακτικά Γ΄ Διεθνούς Συμποσίου, επιμ. Ε. Παπαδοπούλου - Δ. Διαλέτη, Αθήνα 1996, σσ. 432.
4) Οι Αλβανοί στο Μεσαίωνα. Πρακτικά Ε΄ Διεθνούς Συμποσίου, επιμ. Χ. Γάσπαρης, Αθήνα 1998, σσ. 388.
5) Βαλκάνια και Ανατολική Μεσόγειος (12ος-17ος αι.). Πρακτικά Διεθνούς Συμποσίου στη Μνήμη Δ. Α. Ζακυθηνού, επιστ. επιμ. Λ. Μαυρομμάτης, επιμ. έκδ. Κ. Νικολάου, Αθήνα 1998, σσ. 244.
6) Ο Μανουήλ Πανσέληνος και η εποχή του. Πρακτικά Διεθνούς Συμποσίου, επιμ. Λ. Μαυρομμάτης - Κ. Νικολάου, Αθήνα 1999, σσ. 206.
7) Ανοχή και Καταστολή στους Μέσους Χρόνους. Πρακτικά 10ου Διεθνούς Συμποσίου. Μνήμη Λ. Μαυρομμάτη, επιμ. Κ. Νικολάου, Αθήνα 2002, σσ. 389.
8) Βυζάντιο και Βούλγαροι (1018-1185). Πρακτικά του 18ου Διεθνούς Συμποσίου, επιμ. Κ. Νικολάου - Κ. Τσικνάκης, Αθήνα 2008, σσ. 236.
9) Σ. Πατούρα-Σπανού, Η μεθόριος του Δούναβη και ο κόσμος της στην εποχή της μετανάστευσης των λαών (4ος-7ος αι.), επιμ. Γ. Θ. Καρδαράς, Αθήνα 2008, σσ. 301.
10) Σ. Πατούρα-Σπανού, Χριστιανισμός και παγκοσμιότητα στο πρώιμο Βυζάντιο. Από τη θεωρία στην πράξη, Αθήνα 2008, σσ. 456.
Άρθρα και μελέτες των συνεργατών του Προγράμματος έχουν δημοσιευθεί σε ελληνικά, βαλκανικά και διεθνή περιοδικά, όπως Σύμμεικτα, RESEE, Byzantinoslavica, Vizantiskij Vremennik, ZRVI κ.ά.
