Ο Γιάννης Κουμπουρλής γεννήθηκε στην Αθήνα το 1970. Σπούδασε Κοινωνιολογία στο Πάντειο Πανεπιστήμιο Κοινωνικών και Πολιτικών Επιστημών (1988-1992) από όπου αποφοίτησε με Άριστα. Συνέχισε τις σπουδές του στην Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales, στο Παρίσι, από την οποία τού απονεμήθηκε ο μεταπτυχιακός τίτλος D.E.A. (1993) για την εργασία με τίτλο L'oeuvre de G. Skliros (1878-1919) : La première analyse marxiste de la société hellénique καθώς και ο τίτλος του Διδάκτορα Ιστορίας (2000, με την ένδειξη Très Honorable avec les félicitations du jury à l'unanimité) για τη διατριβή με τίτλο Recherches sur la formation de l'histoire nationale grecque : l'apport de Sp. Zabélios (1815-1881). Μιλάει αγγλικά και γαλλικά και διαβάζει γερμανικά.
Έχει διδάξει στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου και το Πανεπιστήμιο Κρήτης. Από το Σεπτέμβριο του 2004 διατελεί Ερευνητής του ΙΝΕ/ΕΙΕ (Ερευνητικό πρόγραμμα: ''Ιστοριογραφία 15ος-20ός αιώνας''), ενώ από το 2005 διοργανώνει το μεταπτυχιακό σεμινάριο του ΙΝΕ/ΕΙΕ ''Ιστορία της ελληνικής ιστοριογραφίας (18ος-20ός αι.)'', που πραγματοποιείται στο πλαίσιο του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ''Πολιτική Επιστήμη & Ιστορία'' του Παντείου Πανεπιστημίου. Είναι μέλος της συντακτικής επιτροπής του περιοδικού Δοκιμές. Επιθεώρηση Κοινωνικών Σπουδών και του Γαλλικού Παραρτήματος της Association Internationale d'Études du Sud-est Européen.
Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα άπτονται της ιστορικής κοινωνιολογίας, της νεοελληνικής ιστοριογραφίας και της ιστορίας των πολιτικών κινημάτων και των ιδεολογιών στα Βαλκάνια και την Ευρώπη (18ος-20ός αι.), με έμφαση στις εθνικιστικές και τις σοσιαλιστικές ιδέες. Από το 2004 εργάζεται πάνω σε μια έρευνα που αφορά στο πρώιμο έργο του Κωνσταντίνου Παπαρρηγόπουλου (1843-1853) και τις ευρωπαϊκές επιδράσεις που δέχθηκε ο ελληνικός ιστορισμός.