Η Σοφία Ματθαίου γεννήθηκε στην Αθήνα το 1956. Αποφοίτησε από το Ιστορικό-Αρχαιολογικό τμήμα της Φιλοσοφικής Σχολής Αθηνών το 1978. Από το 1980 ως το 1990 ασχολήθηκε με τη μελέτη της πρόσληψης των νεωτερικών ιδεών στην Ελλάδα των αρχών του 20ού αιώνα, καθώς και με το θέμα των Παλαιών Πολεμιστών του μεσοπολέμου. Έχει συμμετάσχει σε έρευνες εντοπισμού, καταγραφής και ταξινόμησης αρχειακού υλικού. Κατά το διάστημα 1990-1993 εργάστηκε για τη σύνταξη του αναλυτικού καταλόγου του Aρχείου του Στεφάνου Aθανασίου Kουμανούδη (1818-1899). Το 2004 υποστήριξε διδακτορική διατριβή στο Tμήμα Iστορίας και Aρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Kρήτης με θέμα ''Στέφανος A. Kουμανούδης (1818-1899). Όψεις του βίου και της πολιτείας του''. Κατά το διάστημα 2005--2007 συμμετείχε στο πρόγραμμα ''Προβιομηχανικές και βιομηχανικές εγκαταστάσεις και τεχνικές στα νησιά του Ιονίου (18ος-20ός αι.)''. που πραγματοποιήθηκε στο Τμήμα Ιστορίας του Ιονίου Πανεπιστημίου (επιστημονική υπεύθυνη η επίκουρη καθηγήτρια Ευδοκία Ολυμπίτου), ως μεταδιδάκτορας ερευνήτρια, καθώς και σε ερευνητικό πρόγραμμα για την ιστορία της Χαρτοποιΐας και Χαρτοβιομηχανίας στην Ελλάδα (19ος-20ός αι.).
Κύριο αντικείμενο των ερευνών της από το 1990 αποτελούν διανοούμενοι που συνέβαλαν στη διαμόρφωση των θεσμών και της ιδεολογίας του νεοπαγούς ελληνικού κράτους. Συμμετέχει απο το 1977 στην Eταιρεία Mελέτης Nέου Eλληνισμού. Από το 2005 διδάσκει στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο Ελληνική Ιστορία.. Από τον Φεβρουάριο του 2007 είναι δόκ. ερευνήτρια στο ΙΝΕ/ΕΙΕ στο πρόγραμμα της ''Νεοελληνικής Γραμματολογίας''.