Ο τομέας Οικονομικής και Κοινωνικής Ιστορίας οργανώθηκε το 2006 με τη σύγκλιση και συνένωση δυνάμεων παλαιότερων προγραμμάτων του ΙΝΕ. Τα αρχικά προγράμματα, η περιγραφή τους και οι πρώτοι διευθυντές ερευνών ήταν:
. «Μηχανισμοί της αγροτικής οικονομίας στις ελληνικές περιοχές της Οθωμανικής αυτοκρατορίας και στις Βενετικές κτήσεις, 15ος- 19ος αι» (διευθυντής προγράμματος Σπύρος Ασδραχάς).
Το πρόγραμμα ήταν κατανεμημένο σε προσωπικές εργασίες με κύριο αιτούμενο την ανάδειξη των μηχανισμών που καθόριζαν την οικονομία της υπαίθρου στις ελληνικές περιοχές της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και στις Βενετικές κτήσεις. Πεδία παρατήρησης ήταν καταρχήν η Θεσσαλία, η περιοχή των Σερρών, η Κέρκυρα, η Αργολίδα και η Πάρος. Το κύριο τεκμηριωτικό υλικό ήταν οι παντοειδείς καταστιχώσεις (15ος-19ος αιώνας) δημοσιονομικού και δικαιϊκού χαρακτήρα, οι νομισματικές αντιστοιχίες στις τουρκοκρατούμενς και βενετοκρατούμενες περιοχές του ελληνικού χώρου. Οι οθωμανικές καταστιχώσεις κεφαλικού φόρου αποτελούσαν εξαρχής ειδική κατεύθυνση αυτού του προγράμματος. Στο πλαίσιο του προγράμματος και στο διάστημα (1994-2007) πραγματοποιούνταν από τον Σπύρο Ασδραχά ανοικτό εβδομαδιαίο σεμινάριο στο ΙΝΕ. (βλ. επιλογή σεμιναριακών μαθημάτων στο: Βίωση και καταγραφή του Οικονομικού. Η μαρτυρία της απομνημόνευσης. Σπύρος Ασδραχάς. Κύκλος Σεμιναρίων. Εκδοτική Φροντίδα Ευτυχία Λιάτα, Άννα Ματθαίου, Πόπη Πολέμη, Αθήνα ΙΝΕ/ΕΙΕ 2007).
. «Ιστορική μελέτη των οικισμών της Ελλάδας, 15ος-20ός αι» (διευθυντής προγράμματος Βασίλης Παναγιωτόπουλος)
. «Ιστορία των Επιχειρήσεων και Βιομηχανική Αρχαιολογία» (διευθυντές προγράμματος Βασίλης Παναγιωτόπουλος, Χριστίνα Αγριαντώνη)