Βιογραφικό Σημείωμα

Δρ. Νικόλαος Γ. Οικονομάκος
Διευθυντής
Tel: + 30 210 7273884
Fax: +30 210 7273831
E-mail: ngo
Προσωπική ιστοσελίδα

Ο Δρ. Ν.Γ. Οικονομάκος είναι Διευθυντής του ΙΟΦΧ και Επιστημονικός Υπεύθυνος της Ομάδος Δομικής Βιολογίας και Χημείας. Είναι πτυχιούχος Χημείας (1970) και διδάκτωρ Χημείας (1977) του Πανεπιστημίου Αθηνών και έχει διατελέσει Research Fellow στο Laboratory of Molecular Biophysics , University of Oxford (1983-1984, 1986-1987, 1994-1995). Τομείς εξειδίκευσης: Δομική Βιολογία, Κατευθυνόμενος-από τη δομή-σχεδιασμός φαρμάκων, Κρυσταλλογραφία Πρωτεϊνών, Ενζυμα/Βιοχημεία. Η έρευνα που διεξάγεται από την Ομάδα Δομικής Βιολογίας και Χημείας στοχεύει κυρίως στην κατανόηση της σχέσης δομής/δράσης ενζύμων που εμπλέκονται στο μεταβολισμό του γλυκογόνου-φωσφορυλάσης γλυκογόνου και κινάσης της φωσφορυλάσης γλυκογόνου, ριβονουκλεασών της οικογενείας της πανκρεατικής ριβονουκλεάσης Α, των εξαρτώμενων από ασβέστιο/καλμοντουλίνη πρωτεϊνικών κινασών σερίνης/ θρεονίνης, του νικοτινικού υποδοχέα της ακετυλοχολίνης, λεκτινών που εμπλέκονται στις κυτταρικές αλληλεπιδράσεις, των ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών Τ AFs 9, της φωσφοενολοπυροσταφυλικής καρβοξυ-κινάσης, της γλυκοκινάσης, ξυλανασών F 10 και F 11 και εστερασών Α και Β του φερουλικού οξέος. Απώτερος στόχος της έρευνας είναι η αξιοποίηση της πληροφορίας, που προέρχεται από τον προσδιορισμό της 3 D δομής των πρωτεϊνικών μακρομορίων, για την κατανόηση της ενζυμικής κατάλυσης/αναστολής, της μοριακής αναγνώρισης υποστρωμάτων/αναστολέων και τον κατευθυνόμενο-από τη δομή-σχεδιασμό μικρών μορίων, μιας o ρθολογιστικής μοριακής προσέγγισης, που μπορεί να οδηγήσει στην ανάπτυξη υπογλυκαιμικών, αντιαγγειογενετικών, αντιφλεγμονωδών, αντιικών και ογκοκατασταλτικών φαρμάκων, φαρμάκων έναντι νόσων όπως Parkinson , Alzheimer και της σχιζοφρένειας, καθώς επίσης και στην ανάπτυξη εξειδικευμένων ενώσεων έναντι του φυτοπαθογόνου μικροοργανισμού Fusarium oxysporum . Η εμπειρία του Δρ . Ν . Γ . Οικονομάκου με τη φωσφορυλάση γλυκογόνου και την κινάση της φωσφορυλάσης γλυκογόνου τεκμηριώνεται στα διδακτικά πανεπιστημιακά βιβλία Βιοχημείας , όπως π . χ . John R. Helliwell Macromolecular crystallography with synchrotron radiation, Cambridge University Press (1992), Donald Voet and Judith G. Voet Biochemistry, 2nd edition, John Wiley and Sons, Inc, New York, Chichester, Brisbane, Toronto, Singapore, 1995, Lubert Stryer's Biochemistry (1996), Nicholas C. Price and Lewis Stevens Fundamentals of Enzymology, 3 rd edition, Oxford University Press (1999), και Alan Fersht Structure and Mechanism in Protein Science, A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding, W.H. Freeman and Company, New York (1999), David E. Metzler's Biochemistry, The Chemical Reactions of Living Cells, 2 nd edition, Volume 1, Academic Press (2001), and Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko and Lubert Stryer's Biochemistry, 5 th edition, Interational edition, W.H. Freeman and Company, New York (2002), όπου περιγράφεται το σημερινό επίπεδο γνώσεων καθώς έχει διαμορφωθεί από τα επιστημονικά επιτεύγματα της Καθ . Dame Louise N. Johnson (Laboratory of Molecular Biophysics, University of Oxford) και του ιδίου. Είναι (1983- σήμερα ), χρήστης συγχροτρονικής ακτινοβολίας ακτίνων Χ (European Synchrotron Radiation Sources: SRS Daresbury Laboratory, Daresbury, UK, Sinchrotrone Trieste, Trieste, Italy, EMBL, Hamburg-Outstation, DESY, ESRF, Grenoble, France) μέσω αιτήσεων χρηματοδότησης και συμμετέχει στο Ευρωπαϊκό Δίκτυο Δομικής Βιολογίας . Εχει δημοσιεύσει περισσότερες από 100 εργασίες σε διεθνή περιοδικά με κριτές, άρθρα ανασκόπησης και θεματικές ενότητες σε βιβλία και έχει επιβλέψει 9 διδακτορικές διατριβές, 4 MSc και μεταπτυχιακά διπλώματα και 24 διπλωματικές εργασίες. Οι έρευνες της Ομάδας Δομικής Βιολογίας και Χημείας χρηματοδοτούνται από ανταγωνιστικά προγράμματα της ΓΓΕΤ (ΠΕΝΕΔ, ΕΝΤΕΡ, ΔΙΑΚΡΑΤΙΚΑ, κ.ά.), ΕΕ ( SCIENCE , HUMAN CAPITAL AND MOBILITY , BIOMED , BIOTECHNOLOGY , MARIE CURIE , HPRN ), Οργανισμούς-Πανεπιστήμια ( Wellcome Trust , Royal Society , Medical Research Council , FEBS , EMBO , University of Dundee ) και Μεγάλες Φαρμακευτικές Εταιρείες ( Novo Nordisk A / S , Bagsvaerd , Denmark , Aventis Pharma Deutschland GmbH , Frankfurt am Main , Germany , AstraZeneca , Macclesfield , UK , Pfizer Inc ., Groton , USA ).

Πρόσφατες δημοσιεύσεις

Oikonomakos, N.G., Schnier, J.B., Zographos, S.E., Skamnaki, V.T., Tsitsanou, K.E., and Johnson, L.N. (2000). Flavopiridol inhibits glycogen phosphorylase by binding at the inhibitor site. J. Biol. Chem. 275, 34566-34573.{PDB code: 1C8K}

Oikonomakos, N.G., Skamnaki, V.T., Tsitsanou, K.E., Gavalas, N.G., and Johnson, L.N. (2000). A new allosteric site in glycogen phosphorylase b as a target for drug interactions. Structure 8, 575-584. {PDB code: 1C50}

Kontou, M., Leonidas, D.D., Vatzaki, E.H., Acharya, K.R., Mamalaki, A., Oikonomakos, N.G., and Tzartos, S.J. (2000). The crystal structure of a Fab fragment of a rat monoclonal antibody against the main immunogenic region of the human muscle acetylcholine receptor. Eur. J. Biochem. 267, 2389-2396. {PDB code: 1C5D}

Tsitsanou, K.E., Skamnaki, V.T., and  Oikonomakos, N.G. (2000). Structural basis of the synergistic inhibition of glycogen phosphorylase a by caffeine and a potential antidiabetic drug. Arch. Biochem. Biophys. 384, 245-254.{PDB code: 1C8L}

Skamnaki, V.T., Oikonomakos, N.G. (2000). Kinetic characterization of the double mutant R148A/E182S of glycogen phosphorylase kinase catalytic subunit: the role of the activation loop. J. Protein Chem. 19, 499-505.

Poulas K, Eliopoulos E., Vatzaki E., Navaza J., Kontou M., Oikonomakos N., Acharya K.R., Tzartos S.J. (2001). Crystal structure of Fab198, an efficient protector of the acetylcholine receptor against myasthenogenic antibodies. Eur. J. Biochem., 268, 3685-93. {PDB code: 1FN4}

Oikonomakos, N.G., Skamnaki, V.T., Osz, E., Szilagyi, L., Somsak, L., Docsa, T., Toth, B. and Gergely, P. (2002). Kinetic and crystallographic studies of glucopyranosylidene spirothiohydantoin binding to glycogen phosphorylase b. Bioorg. Med. Chem. 10, 261-268. {PDB code: 1HLF}

Oikonomakos, N.G., Zographos, S.E., Skamnaki, V.T. and Archontis, G. (2002). The 1.76 A resolution crystal structure of glycogen phosphorylase b complexed with glucose, and CP320626, a potential antidiabetic drug. Bioorg. Med. Chem. 10, 1313-1319. {PDB code: 1H5U}

Oikonomakos, N.G., Kosmopoulou, M., Zographos, S.E., Leonidas, D.D., Chrysina, E.D., Somsak, L., Nagy, V., Praly, J.P., Docsa, T., Toth, B. and Gergely, P. (2002). Binding of N-acetyl-N'-beta-D-glucopyranosyl urea and N-benzoyl -N'-beta-D-glucopyranosyl urea to glycogen phosphorylase b: kinetic and crystallographic studies. Eur. J. Biochem. 269, 1684-1696. {PDB codes: 1K06, 1K08, 1KTI} Cover Story

Cook, A., Lowe, E.D., Chrysina, E.D., Skamnaki, V.T. Oikonomakos, N.G. and Johnson, L.N. (2002). Structural studies of Phospho-CDK2/Cyclin A bound to nitrate, a transition state analogue: Implications for the protein kinase mechanism. Biochemistry 41, 7301-7311. {PDB code: 1GY3}

Oikonomakos, N.G. (2002). Glycogen phosphorylase as a molecular target for type 2 diabetes therapy. Curr Protein Pept Sci. 3, 561-586. Cover Story

Oikonomakos N.G, Chrysina, E.D., Kosmopoulou, M.N. and Leonidas, D.D. (2003) Crystal structure of rabbit muscle glycogen phosphorylase a in complex with a potential hypoglycaemic drug at 2.0 A resolution. (2003) Biochim. Biophys. Acta 1647, 325-332. {PDB codes: 1LWN, 1LWO}

Leonidas, D.D.,  Swamy, B.M., Bhat, A.G.,  Inamdar, S.R., Kosmopoulou,  M.N., Chrysina, E.D., and Oikonomakos, N.G. (2003) Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of Sclerotium rolfssii lectin. Acta Cryst. D59, 363-365.

Chrysina, E.D., Oikonomakos, N.G., Zographos, S.E., Kosmopoulou, M.N., Bischler, N., Leonidas, D.D., Kovacs, L., Docsa, T., Gergely, P., and Somsak L. (2003) Crystallographic studies on alpha- and beta-D-glucopyranosyl formamide analogues, inhibitors of glycogen phosphorylase. Biocatal. & Biotransfor. 21, 233-242. {PDB codes: 1P4G, 1P4H, 1P4J}

Pinotsis, N., Leonidas, D.D., Chrysina, E.D., Oikonomakos, N.G., and Mavridis, I.M. (2003). The binding of beta- and gamma-cyclodextrins to glycogen phosphorylase b: kinetic and crystallographic studies. Protein Sci. 12, 1914-1924.Cover Story {PDB codes: 1P2G, 1P29, 1P2D, 1P2B}

Leonidas, D.D., Chabali, G.B., Chrysina, E.D., Kosmopoulou, M.N., Oikonomakos, N.G., Vlassi, M., Frankling, C. and Acharya, K.R. (2003). High resolution crystal structures of Ribonuclease A complexed with adenylic and uridylic nucleotide inhibitors. Implications for structure-based design of ribonucleolytic inhibitors. Protein Sci. 12, 2559-2574.Cover story {PDB codes: 1O0H, 1O0N, 1O0F, 1O0O}

Kosmopoulou, M.N., Leonidas, D.D., Chrysina, E.D., Bischler, N., Eisenbrand, G., Sakarellos, C.E., Pauptit, R., Oikonomakos, N.G. (2004). Binding of the potential antitumour agent indirubin-5-sulphonate at the inhibitor site of rabbit muscle glycogen phosphorylase b.Eur. J. Biochem. 271, 2280-2290.{PDB codes: 1UZU)

Chrysina, E.D., Kosmopoulou, M.N., Kardakaris, R., Bischler, N., Leonidas, D.D., Kannan, T., Loganathan, T., and Oikonomakos, N.G. (2005) Binding of b -D-glucopyranosyl bismethoxyphosphoramidate to glycogen phosphorylase b. Kinetic and crystallographic studies. Bioorg. Med. Chem. 13, 765-772. {PDB code: 1XC7}

Chrysina, E.D., Kosmopoulou, M.N., Tiraidis, C., Kardakaris, R., Bischler, N., Leonidas, D.D., Hadady, Z., Somsak, L., Docsa, T., Gergely, P., and Oikonomakos, N.G. (2005). Kinetic and crystallographic studies on 2-( b -D-glucopyranosyl)-5-methyl-1, 3, 4-oxadiazole, -benzothiazole, and -benzimidazole, inhibitors of muscle glycogen phosphorylase b. Evidence for a new binding site. Protein Sci. 14, 873-888. {PDB codes: 1XL0, 1XL1, 1XKX}

Oikonomakos, N.G., Kosmopoulou, M.N., Chrysina, E.D., Leonidas, D.D., Kostas, I.D., Wendt, K.U., Klabunde, T., and Defossa, E. (2005) Crystallographic studies on acyl ureas, a new class of glycogen phosphorylase inhibitors, as potential antidiabetic drugs. Protein Sci., in press. {PDB codes: 1WUT, 1WVX, 1WV0, 1WV1}

Watson, K.A., Chrysina, E.D., Tsitsanou K.E., Zographos, S.E., Gregoriou, M., Archontis, G., Fleet, G.W.J., and Oikonomakos, N.G. (2005) Kinetic and crystallographic studies of glucopyranose spirohydantoin and glucopyranosylamine analogues inhibitors of glycogen phosphorylase. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, in press. {PDB codes: 1GGN, 1FTQ, 1FTW, 1FTY, 1FU4, 1FU7, 1FU8, 1P4H, 1FS4, 1B4D, 1GG8, 2PRJ}

Archontis, G., Watson, K.A., Xie, Q., Andreou, G., Chrysina, E.D., Zographos, S.E., Oikonomakos, N.G., and Karplus, M. (2005) Molecular recognition and relative binding of glucopyranose spirohydantoin analogues to glycogen phosphorylase: a free energy perturbation study. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, in press.

Hatzopoulos, G.N., Leonidas, D.D., Kardakaris, R., Kobe, J., and Oikonomakos, N.G. (2005) The binding of IMP to ribonuclease A. FEBS Journal, in press.

Kosmopoulou, M.N., Leonidas, D.D., Chrysina, E.D., Eisenbrand, G., and Oikonomakos, N.G. (2005) Indirubin-3'-aminooxy-acetate inhibits glycogen phosphorylase by binding at the inhibitor and the allosteric site. Broad specificities of the two sites. Letters in Drug Design & Discovery, in press. {PDB code: 1Z62}

Klabunde, T., Wendt, K.U., Kadereit, D., Brachvogel, V., Burger, H.-J., Herling, A.W., Oikonomakos, N.G., Kosmopoulou, M.N., Schmoll, D., Sarubbi, E., von Roedern, E., Schonafinger, K., and Defossa, E. (2005). Acyl Ureas as Human Liver Glycogen Phosphorylase Inhibitors for the Treatment of Type 2 Diabetes. J. Med. Chem., in press.