Το Τμήμα Οργανικής και Φαρμακευτικής Χημείας τα τελευταία χρόνια έχει αποκτήσει επιστημονικό εξοπλισμό πολύ υψηλών προδιαγραφών, μπορεί δε να θεωρηθεί ότι, είναι το πλέον εξοπλισμένο ερευνητικό Τμήμα στην Ελλάδα στους τομείς της Φασματοσκοπίας Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού (NMR), της Φασματομετρίας Μάζας και της Πρωτεϊνικής Κρυσταλλογραφίας Ακτίνων-Χ.
Το Τμήμα Οργανικής και Φαρμακευτικής Χημείας διαθέτει επίσης, πρόσφατα ανακαινισμένα και εξοπλισμένα συνθετικά εργαστήρια.
Ο επιστημονικός εξοπλισμός του Τμήματος Οργανικής και Φαρμακευτικής Χημείας, ανά κατηγορία, είναι ο εξής: