Το ΙΟΦΧ τα τελευταία χρόνια έχει αποκτήσει επιστημονικό εξοπλισμό πολύ υψηλών προδιαγραφών, μπορεί δε να θεωρηθεί ότι, είναι το πλέον εξοπλισμένο ερευνητικό Ινστιτούτο στην Ελλάδα στους τομείς της Φασματοσκοπίας Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού (NMR), της Φασματομετρίας Μάζας και της Πρωτεϊνικής Κρυσταλλογραφίας Ακτίνων-Χ.
Το ΙΟΦΧ διαθέτει επίσης, πρόσφατα ανακαινισμένα και εξοπλισμένα συνθετικά εργαστήρια.
Ο επιστημονικός εξοπλισμός του ΙΟΦΧ, ανά κατηγορία, είναι ο εξής: