Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τη συμμετοχή του ΕΙΕ

Σήμερα, το ΕΙΕ συμμετέχει ενεργά στη διοργάνωση και υλοποίηση των ακόλουθων διϊδρυματικών μεταπτυχιακών προγραμμάτων:

• «Βιοεπιχειρείν». Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών σχετικά με την επιχειρηματικότητα στον τομέα της βιοτεχνολογίας, το οποίο συνδιοργανώνεται με το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας και έχει ξεκινήσει από τον Μάρτιο 2015. Αποτελεί το πρώτο μεταπτυχιακό πρόγραμμα (M.Sc.) που οργανώθηκε από κοινού μεταξύ ενός Ερευνητικού Κέντρου και ενός ΑΕΙ στην Ελλάδα.
• «Ογκολογία: από την ογκογένεση στη θεραπεία». Συνδιοργανώνεται με την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης και έχει ξεκινήσει από τον Ιούλιο 2018.
• «Νευροεπιστήμες». Συνδιοργανώνεται με το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών και έχει ξεκινήσει από τον Οκτώβριο 2019.
• «Βιοτεχνολογία». Συνδιοργανώνεται με το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών και έχει ξεκινήσει από τον Οκτώβριο 2021.
• «Μικροσυστήματα και νανοσυσκευές». Συνδιοργανώνεται με το Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο (ΕΜΠ) και άλλους ακαδημαϊκούς και ερευνητικούς οργανισμούς και έχει ξεκινήσει από το 2018.

Το ΙΙΕ διοργανώνει, επίσης, εξειδικευμένα σεμινάρια που εντάσσονται σε Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών ελληνικών πανεπιστημίων. Αυτά κυρίως αφορούν την Ιστορία (από την αρχαιότητα έως τη σύγχρονη εποχή) και την Αρχαιολογία και είναι τα εξής:

• Σεμινάριο: «Μετεμφυλιακή Ελλάδα (1949-1967) – Πολιτικές και κοινωνικές πτυχές» (Τομέας Νεοελληνικών Ερευνών/ΙΙΕ – Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών – Πάντειο Πανεπιστήμιο).
• Διεπιστημονικό μεταπτυχιακό σεμινάριο «Νίκος Οικονομίδης» (Τομέας Βυζαντινών Ερευνών/ΙΙΕ – Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών).
• Σεμινάριο «Ελληνο-λατινικός κόσμος – 13ος-18ος αιώνας » (Τομέας Βυζαντινών Ερευνών/ΙΙΕ – Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών).
• Σεμινάριο Αρχαίας Ιστορίας (Τομέας Ελληνικής και Ρωμαϊκής Αρχαιότητας/ΙΙΕ – Εθνικό και Καποδιστριακό  Πανεπιστήμιο Αθηνών).