Έργα με χρηματοδότηση από εθνικούς πόρους, ιδίως μέσω του Εταιρικού Σύμφωνου για το Πλαίσιο Ανάπτυξης (ΕΣΠΑ), του Ταμείου Ανάκαμψης και Ανθεκτικότητας, του Ελληνικού Ιδρύματος Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΛΙΔΕΚ), του Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων (εθνικό ή συγχρηματοδοτούμενο σκέλος), προγραμματικές συμβάσεις με δημόσιους φορείς, συμπληρωματική εθνική χρηματοδότηση για ευρωπαϊκά έργα (matching funds).

Έργα με χρηματοδότηση που προέρχεται από προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης και άλλους ευρωπαϊκούς οργανισμούς όπως το Horizon Europe, το EU4Health, Interreg, European Space Agency και άλλα.

Έργα με χρηματοδότηση από διεθνείς δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς χρηματοδότης όπως ΝΑΤΟ, German Federal Foreign Office κα. καθώς και άλλους διεθνείς χορηγικούς οργανισμούς όπως Templeton World Charity Foundation, The Getty Foundation Connecting Art Histories, Κing Abdul Aziz Foundation for Research and Archives - Addarah, The Alliance of International Science Organizations ANSO, Battelle Memorial Institute κα.

Έργα με χρηματοδότηση από διάφορες άλλες πηγές όπως:

• χορηγίες, δωρεές, δίδακτρα, κληροδοτήματα,
• ιδιωτική χρηματοδότηση από επιχειρήσεις και ιδρύματα,
• έσοδα από μεταπτυχιακά προγράμματα, θερινά σχολεία, συνέδρια και εκδηλώσεις,
• παροχή εξειδικευμένων επιστημονικών υπηρεσιών (μελέτες, γνωμοδοτήσεις, αναλύσεις, δοκιμές κ.ά.).

Το ΕΙΕ αξιοποιεί επίσης ίδιους πόρους, που προέρχονται από έσοδα των έργων, πώληση εκδόσεων, μεταφορά τεχνολογίας και εκμετάλλευση διανοητικής ιδιοκτησίας.