ELIXIR-GR

Το Υποέργο 16 έχει σκοπό τη διοργάνωση σεμιναρίου (εργαστηρίου) για την πρακτική εκπαίδευση μεταπτυχιακών φοιτητών και ερευνητών στα βασικά εργαλεία ανάλυσης γονιδιώματος και μετα-γονιδιώματος (shotgun sequencing, de novo assembly, πρόβλεψη και επισημείωση γονιδίων, φυλογενετική ταξινόμηση, συγκριτική ανάλυση κ.α.).

Οι συμμετέχοντες, με βάση την πλατφόρμα μεταγενωμικής ανάλυσης ANASTASIA, που έχει υλοποιηθεί στο περιβάλλον ροών εργασίας Galaxy, θα εξοικειωθούν με το λογισμικό Galaxy που επιτρέπει τη διαχείριση μεγάλου όγκου δεδομένων και την αυτόματη εκτέλεση πολύπλοκων workflows. Επιπρόσθετα, θα εκπαιδευθούν στην αυτόματη ανίχνευση ενζυμικής δραστικότητας σε μετα-γονιδιώματα με χρήση μεθοδολογιών Μηχανικής Μάθησης (Machine Learning) και την αυτοματοποιημένη ανασύνθεση και ανάλυση μοριακών μονοπατιών που ανιχνεύονται στα γονιδιώματα και μετα-γονιδιώματα. Το εργαστήριο θα διαρκέσει 1 ημέρα ενώ θα εκπαιδευτούν  άτομα που δύναται να μην έχουν πρότερη εμπειρία στη χρήση αντίστοιχου λογισμικού ή του αντικειμένου της γονιδιωματικής-μεταγενωμικής ανάλυσης, διότι το σεμινάριο θα έχει και εισαγωγικές-θεωρητικές ομιλίες.  Θα υπάρξουν 6 ενότητες εργασίας που θα αφορούν σε διαφορετικά πεδία της γονιδιωματικής-μεταγονιδιωματικής ανάλυσης, ενώ θα λάβει χώρα και άμεση εκπαίδευση των συμμετεχόντων με εξοικίωση τους με το σχετικό λογισμικό και την υλοποίηση μικρών εργαστηριακών ασκήσεων.