Το Ινστιτούτο Ιστορικών Ερευνών (IIE) υλοποιεί πλήθος χρηματοδοτούμενων ερευνητικών έργων, τα οποία ενισχύουν την παραγωγή νέας γνώσης, την ανάπτυξη συνεργασιών και τη διάχυση της ιστορικής έρευνας στην επιστημονική κοινότητα και την κοινωνία. Τα έργα αυτά διακρίνονται σε τέσσερις βασικές κατηγορίες:

α. έργα που χρηματοδοτούνται από ευρωπαϊκούς πόρους, όπως τα προγράμματα Horizon Europe, Marie Skłodowska-Curie Actions και ERC, τα οποία προωθούν τη διεθνή διάσταση της έρευνας,

β. έργα που στηρίζονται σε εθνικούς πόρους, μέσω φορέων όπως το ΕΛΙΔΕΚ, προγράμματα της ΕΥΔΕ και άλλα εθνικά χρηματοδοτικά εργαλεία, συμβάλλοντας στις εθνικές ερευνητικές προτεραιότητες και αναπτύσσοντας την ερευνητική στρατηγική του Ινστιτούτου,

γ. διεθνείς συνεργασίες με πανεπιστήμια, ερευνητικά κέντρα, ιδρύματα και οργανισμούς του εξωτερικού, που ενδυναμώνουν τη διαπολιτισμική ανταλλαγή και την επιστημονική δικτύωση και

δ. λοιπές ερευνητικές πρωτοβουλίες που υποστηρίζονται από κοινωφελή ιδρύματα, ιδιωτικές εταιρείες και χορηγίες, προβάλλοντας τη σημασία της ιστορικής έρευνας και την κοινωνική της απήχηση.

Τα χρηματοδοτούμενα έργα αποτελούν βασικό άξονα της δραστηριότητας του ΙΙΕ, καθώς εξασφαλίζουν τη συνέχιση της ερευνητικής παραγωγής, ενισχύουν τη διεθνή παρουσία του Ινστιτούτου και συμβάλλουν στη σύνδεση της ιστορικής επιστήμης με τις σύγχρονες κοινωνικές και πολιτισμικές προκλήσεις.