Το IΟΦΧ έχει τη βασική υποδομή για την απομόνωση, καθαρισμό, βιοχημική ανάλυση, τρισδιάστατο (3D) προσδιορισμό και ανάλυση της πρωτεϊνικής δομής.

Υπάρχει ένας ανεξάρτητος χώρος ελεγχόμενης θερμοκρασίας για κρυσταλλώσεις, τρείς (3) ειδικοί επωαστήρες ελεγχόμενης θερμοκρασίας (4, 16 και 20°C) για την ανάπτυξη των κρυστάλλων και στερεοσκόπιο εφοδιασμένο με πολωμένο φως.

Η συλλογή κρυσταλλογραφικών δεδομένων πραγματοποιείται κυρίως με κρυο-κρυσταλλογραφικές μεθόδους, σε θερμοκρασία 100 Κ.
Τα κρυσταλλογραφικά δεδομένα (δεδομένα περίθλασης) συλλέγονται είτε
(1) με χρήση συμβατικών πηγών ακτινών Χ (λ=1.5418 A), είτε
(2) με χρήση συγχροτρονικής ακτινοβολίας (λ˜0.9 A).

Το Κέντρο Κρυσταλλογραφίας Μακρομορίων (ΕΚΕΦΕ ''Δημόκριτος''), στο οποίο ο Διευθυντής εκπροσωπεί το ΙΟΦΧ/ΕΙΕ, διαθέτει περιστρεφόμενη ανοδική πηγή ακτίνων Χ τύπου Rigaku RU-H3RHB (λ=1.5418 A) και ανιχνευτή R-AXIS IV.
Η πρόσβαση στους σταθμούς συγχροτρονικής ακτινοβολίας Μεγάλων Ευρωπαϊκών Εγκαταστάσεων (EMBL-Hamburg outstation, Αμβούργο, Γερμανία, SRS Daresbury Laboratory, Αγγλία, ESRF, Grenoble, Γαλλία και ELETTRA, Τεργέστη, Ιταλία) επιτυχγάνεται μέσω αιτήσεων χρηματοδότησης.

Η υπολογιστική ισχύς του ΙΟΦΧ περιλαμβάνει 4 Silicon graphics O2 (R10000 και R12000), 1 Indy (R4600), 3 Hewlett packard visualise B2000, 2 Linux cluster 8 CPUs, Athlon 1.4 GHz (octathlon).