Στο Ινστιτούτο λειτουργούν δύο εργαστήρια παροχής υπηρεσιών:
το Εργαστήριο Φασματοσκοπικών Εφαρμογών(ΕΦΑ) με αποστολή την ανάπτυξη νέων τεχνογνωσιών βιομηχανικού ενδιαφέροντος και την διάχυση ερευνητικών αποτελεσμάτων σε παραγωγικούς φορείς - χρήστες. Οι δυνατότητές του εκτείνονται σε ευρύ φάσμα υλικών, όπως ορυκτές πρώτες ύλες, πολυμερή, κεραμικά, τρόφιμα, φάρμακα-καλλυντικά κ.α.
το Εργαστήριο Φωτονικής και Νανοεφαρμογών (ΕΦΝ). Το εργαστήριο ιδρύθηκε και λειτουργεί πρόσφατα με αποστολή την μεταφορά τεχνολογίας και τεχνογνωσίας στον κλάδο των φωτονικών υπηρεσιών, με εξειδίκευση σε αισθητήρες, οπτική μετρολογία και εφαρμογές μικροσκοπίας.