Τα ερευνητικά έργα του Τομέα Νεοελληνικών Ερευνών εστιάζουν στην πολιτική, κοινωνική, οικονομική και πολιτισμική Ιστορία του Νέου Ελληνισμού (15ος-21ος αι.), στο πλαίσιο του ευρύτερου βαλκανικού, ευρωπαϊκού και μεσογειακού χώρου. Τα ποικίλα προγράμματα του ΤΝΕ απηχούν την εδραιωμένη παράδοση των ερευνητών του αλλά επιχειρούν και νέες προσεγγίσεις με νέα μεθοδολογικά εργαλεία. Από το 2025 εντάσσονται σε πέντε ευρείς επιστημονικούς κόμβους, οι οποίοι αφενός καλύπτουν το σύνολο του φάσματος της σύγχρονης ιστορικής έρευνας και αφετέρου λειτουργούν ως κοινά σημεία αναφοράς τόσο για το Ινστιτούτο στο σύνολό του όσο και για τον ΤΝΕ.