H Ομάδα Δομικής Βιολογίας και Χημείας

Η έρευνα που διεξάγεται από την Ομάδα Δομικής Βιολογίας και Χημείας στοχεύει κυρίως στην κατανόηση της σχέσης δομής/δράσης, ενζύμων που εμπλέκονται στο μεταβολισμό του γλυκογόνου, ριβονουκλεασών της οικογενείας της πανκρεατικής ριβονουκλεάσης Α, των εξαρτώμενων από ασβέστιο/καλμοντουλίνη πρωτεϊνικών κινασών σερίνης/ θρεονίνης, του νικοτινικού υποδοχέα της ακετυλοχολίνης, λεκτινών που εμπλέκονται στις κυτταρικές αλληλεπιδράσεις, των ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών ΤAFs9, της φωσφοενολοπυροσταφυλικής καρβοξυ-κινάσης, της γλυκοκινάσης, ξυλανασών F10 και F11 και εστερασών Α και Β του φερουλικού οξέος.

Group Pages

Σύνθεση Ερευνητικής Ομάδας

• Δρ. Νικόλαος Γ. Οικονομάκος, Διευθυντής ΙΟΦΧ
• Δρ. Δημήτριος Δ. Λεωνίδας, Ερευνητής Β΄
• Δρ. Σπυρίδων Ε. Ζωγράφος, Ερευνητής Γ'
• Δρ. Ευαγγελία Δ. Χρυσίνα, Ερευνήτρια
• Δρ. Ιλιάδα Λαζούρα, Μετακαλούμενη ερευνήτρια (ΓΓΕΤ-ENTEΡ/2006-2008)
• Δρ. Joe Hayes, Marie Curie Fellow (TOK 2007-2009)
• κα Μελίντα-Κύρα Αλεξάκου, υποψήφια διδάκτωρ (Marie Curie Fellow, EST 2006-2009)
• κ. Δημήτρης Παπαγεωργιού (υποψήφιος Msc)
• κα Χρύσα Κυρίτση, (υποψήφια Msc)
• κ. Δημήτριος Σοβαντζής, υποψήφιος MSc
• κ. Γρηγόρης Κιζηλής, προπτυχιακός
• κα Ειρήνη-Μαρκέλλα Αντωνίου, προπτυχιακή
• κα Βασιλεία Κουνέλη , προπτυχιακή
• κα Μαρία Δασκαλάκη, προπτυχιακή
• κα Ιφιγένεια Μποσμή, προπτυχιακή

- Αναστολείς της φωσφορυλάσης γλυκογόνου ως εν δυνάμει αντιδιαβητικά φάρμακα
Το έργο εστιάζεται στην ανακάλυψη νέων ενώσεων για τη θεραπεία του διαβήτη τύπου 2. Ο διαβήτης τύπου 2, πλήττει κυρίως ενήλικες και χαρακτηρίζεται από αδυναμία ρύθμισης των επιπέδων γλυκόζης και αντίσταση στην ινσουλίνη. Αποτελεί την πλέον διαδεδομένη μορφή του σακχαρώδη διαβήτη και αφορά το 90-95% των περιπτώσεων. Αντικείμενο του έργου είναι η κατανόηση της μοριακής βάσης αναγνώρισης μικρών οργανικών μορίων υπό της φωσφορυλάσης γλυκογόνου (GP) και η αξιοποίηση της μοριακής γνώσης στο σχεδιασμό εν δυνάμει υπογλυκαιμικών φαρμάκων. Η GP θεωρείται ένζυμο με κεντρικό ρόλο στον καταβολισμό του γλυκογόνου και υπεύθυνο για την παραγωγή γλυκόζης στο αίμα (γλυκογενόλυση). Η λεπτομερής ανάλυση των παραγόντων που καθορίζουν τη σύνδεση μικρομοριακών ενώσεων (αναστολέων) στη GP σε μοριακό επίπεδο, παρέχει τη δυνατότητα ελέγχου της ενζυμικής τους δράσης ή και της ανεπιθύμητης αποικοδόμησης γλυκογόνου, στο σακχαρώδη διαβήτη τύπου 2, όπου η υπεργλυκαιμία αποτελεί σοβαρό ιατρικό πρόβλημα.

- Δομή/Λειτουργία της κινάσης φωσφορυλάσης γλυκογόνου (PhK)
Η PhK παίζει επίσης σημαντικό ρόλο στο μεταβολισμό του γλυκογόνου και αποτελεί στόχο για την ανάπτυξη αντιδιαβητικών φαρμάκων. Η PhK καταλύει τη φωσφορυλίωση μιας και μόνης σερίνης (Ser14), από τις 29, της GPb, μετατρέποντάς την σε ενεργό μορφή (GPa) (μέσω αλλοστερικής μετάπτωσης). Είναι η πρώτη πρωτεϊνική κινάση που ανακαλύφθηκε και η μοναδική, γνωστή, κινάση που ενεργοποιεί τη GPb. Το ένζυμο -μια από τις πλέον πολύπλοκες πρωτεϊνικές κινάσες- έχει μοριακό βάρος 1.300.000 και στοιχειομετρία δεκαεξαμερούς -4 διαφορετικές υπομονάδες σχηματίζουν τετραμερή του τύπου (αβγδ)4. Αντικείμενο του έργου είναι ο σχεδιασμός αναστολέων του ενζύμου [αναστολέων της μετατροπής GPb (μη ενεργός) ? GPa (ενεργός)] εν δυνάμει νέων υπογλυκαιμικών φαρμάκων και ο προσδιορισμός της 3D δομής του ολοενζύμου με κρυσταλλογραφικές μεθόδους και EM.

- Ριβονουκλεάσες
Στόχος του έργου είναι ο σχεδιασμός νέων εν δυνάμει αντιαγγειογενετικών, αντιφλεγμονωδών αντιικών και ογκοκατασταλτικών φαρμάκων. Η βιολογική δράση ορισμένων ριβονουκλεασών σχετίζεται άμεσα με αρκετές κακοήθεις νεοπλασίες και μολυσματικές ασθένειες. Αυτές οι δράσεις των ριβονουκλεασών εξαρτώνται άμεσα από την ενζυμική τους δραστικότητα η οποία μπορεί να ελεγχθεί με εξειδικευμένους αναστολείς. Οι ενώσεις αυτές μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως μοριακά μοντέλα εκκίνησης για τον ορθολογικό σχεδιασμό φαρμάκων για τον έλεγχο της αγγειογένεσης (εγκατάσταση και μετάσταση όγκων) και την αντιμετώπιση αλλεργικών αποκρίσεων και ιικής αντιγραφής. Το έργο περιλαμβάνει κινητικά, βιολογικά και κρυσταλλογραφικά πειράματα για τον καθορισμό των παραγόντων που καθορίζουν τη μοριακή αναγνώριση αναστολέων από τις ριβονουκλεάσες, πανκρεατική ριβονουκλεάση Α, αγγειογενίνη, ηωσινοφιλικά παραγώμενη νευροτοξίνη ηωσινοφιλική κατιονική πρωτεΐνη, και βοεία σπερματική ριβονουκλεάση, και μπορεί να οδηγήσει στο σχεδιασμό εν δυνάμει αντιαγγειογενετικών, αντιφλεγμονωδών και ογκοκατασταλτικών φαρμάκων.

- Δομική βάση της αναγνώρισης σακχαριτών από τις λεκτίνες
Στόχος του έργου είναι η διερεύνηση της σχέσης δομής/ λειτουργίας και εξειδίκευσης των λεκτινών. Οι λεκτίνες είναι πρωτεΐνες που απαντώνται σχεδόν σε όλους τους πρωκαρυωτικούς και ευκαρυωτικούς οργανισμούς και δεσμεύουν σάκχαρα, τα οποία βρίσκονται είτε ελεύθερα είτε συνδεδεμένα στην κυτταρική επιφάνεια, με εξαιρετική εκλεκτικότητα. Οι λεκτίνες κατέχουν σημαντικό ρόλο στις κυτταρικές αλληλεπιδράσεις και μπορούν να χρησιμοποιηθούν για διαγνωστικούς σκοπούς ως ειδικοί ιχνηθέτες καρκινικών κυττάρων.

- Δομή/λειτουργία του νικοτινικού υποδοχέα της ακετυλοχολίνης
3D δομή του a7 υποτύπου του υποδοχέα της ακετυλοχολίνης με κρυσταλλογραφικές μεθόδους ακτίνων Χ. Ο a7 υπότυπος του υποδοχέα της ακετυλοχολίνης, πέρα από τη σημαντική φυσιολογική του σημασία, εμπλέκεται σε πολλές παθήσεις, όπως Parkinson, Alzheimer και σχιζοφρλενεια. Η κατανόηση της δομής του θα διευκόλυνε το σχεδιασμό φαρμάκων έναντι των παθήσεων αυτών. με κρυσταλλογραφικές μεθόδους ακτίνων Χ, NMR και EM για το μελλοντικό σχεδιασμό υψηλής συγγένειας μη παθογόνων τμημάτων αντισωμάτων (Ευρωπαϊκό δίκτυο συνεργασίας, Συντονιστής Καθ.. Σ. Τζάρτος, Τμήμα Φαρμακευτικής, Πανεπιστήμιο Πατρών και Τμήμα Βιοχημείας, Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ)

-Σχέσεις δομής-λειτουργίας των ανασυνδυασμένων ανθρώπινων πρωτεΐνών ΤAFs9
Αντικείμενο του έργου είναι η εφαρμογή μεθόδων πρωτεϊνικής κρυσταλλογραφίας ακτίνων-X για τη δομική ανάλυση των ανθρώπινων ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών TAFs9. H άμεση αλληλεπίδραση των Hcip1 και TAFII31 (TAFs9) με τους λειτουργικούς πρωτεϊνικούς εταίρους της SMN (Survival of Motor Neuron protein), p80 και p53, αντίστοιχα, τις καθιστά μοριακούς στόχους για τη ρύθμιση των επιπέδων της SMN. Η λεπτομερής ανάλυση της δομής των πρωτεϊνών μπορεί να οδηγήσει στην αποσαφήνιση της σχέσης δομής-λειτουργίας. Για το σκοπό αυτό θα πραγματοποιηθεί ο προσδιορισμός της 3D δομής των TAFs9 και μεταλλαγμάτων τους, καθώς και συμπλόκων τους με τροποποιητές που δρούν ρυθμιστικά στην ισχύ των αλληλεπιδράσεων με τις p80 και p53. H γνώση της σχέσης δομής, λειτουργίας αποτελεί ένα ισχυρό εργαλείο για τον ορθολογικό σχεδιασμό ισχυρών τροποποιητών (συνθετικά πεπτίδια ή μικρά μόρια) με πιθανή φαρμακευτική σημασία στη θεραπεία της μυελώδους μυϊκής ατροφίας (SMA), μέσω αποτελεσματικής ρύθμισης των λειτουργικών επιπέδων του πρωτεϊνικού συμπλόκου SMN (σε συνεργασία με την Καθ. Νιόβη Σανταμά, Πανεπιστήμιο Κύπρου, Ινστιτούτο Νευρολογίας και Γενετικής Κύπρου).

- Κρυστάλλωση και προσδιορισμός της 3D δομής ξυλανασών των οικογενειών 10 και 11 και οι εστερασών Α και Β του φερουλικού οξέος από το μεσόφιλο μύκητα Fusarium oxysporoum
Η χαρτογράφηση των κέντρων σύνδεσης και η αποκρυπτογράφηση του μηχανισμού δράσης των διαφορετικών οικογενειών των ξυλανασών και των διαφορετικών τύπων των εστερασών και της μοριακής αναγνώρισης των διακλαδιζόμενων υποστρωμάτων της αραβινοξυλάνης θα βοηθήσει στη βελτιστοποίηση παραγωγής ολιγομερών σημαντικής προστιθέμενης αξίας όπως φυσικών φαρμάκων (αντιοξειδωτικές και πρoβιοτικές ενώσεις), στην απομάκρυνση των διφερουλικών γεφυρών που είναι το μεγαλύτερο εμπόδιο στην πλήρη αποικοδόμηση της φυτικής βιομάζας με σκοπό τη χρησιμοποίησή της για την παραγωγή βιοκαυσίμων (βιοαιθανόλη) καθώς και στο σχεδιασμό αναστολέων του ενζυμικού συστήματος που είναι υπεύθυνο για την προσβολή των φυτικών κυτταρικών τοιχωμάτων του μεγάλης σπουδαιότητας φυτοπαθογόνου μικροοργανισμού Fusarium oxysporum (σε συνεργασία με την ομάδα του Καθ. Π. Χριστακόπουλου, Εργαστήριο Βιοτεχνολογίας, Τμήμα Χημικών Μηχανικών, ΕΜΠ).

Εθνικές Συνεργασίες με Ινστιτούτα και Πανεπιστήμια

Καθ. Θ. Γκιμίσης, Τμήμα Χημείας, Πανεπιστήμιο Αθηνών
Καθ. Η. Ηλιόπουλος, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Καθ. Φ. Κολίσης, Τμήμα Χημικών Μηχανικών, ΕΜΠ
Δρ. Α. Μαμαλάκη, Τμήμα Βιοχημείας, Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ
Δρ. Ε. Μαυρίδου, Ινστιτούτο Φυσικοχημείας, ΕΚΕΦΕ ''Δημόκριτος''
Καθ. Κ. Σακαρέλλος, Τμήμα Χημείας, Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων
Καθ. A. Σιαφάκα, Τμήμα Χημείας, Πανεπιστήμιο Αθηνών
Καθ. Σ. Τζάρτος, Τμήμα Φαρμακευτικής, Πανεπιστήμιο Πατρών
Καθ. Π. Χριστακόπουλος, Τμήμα Χημικών Μηχανικών, ΕΜΠ

Διεθνείς Συνεργασίες με Ινστιτούτα και Πανεπιστήμια

Prof. George Archontis, Dept. of Physics, Univ. of Cyprus
Prof. Mikael Bols, Dept. of Chemistry, University of Aarhus, Denmark
Dr. Jagmohan Singh Bains, Dept. of Molecular Biology and Biochemistry, Guru Bbak Dev University, Amritsar, India
Prof. Gerhard Eisenbrand, Fachbereich Chemie, Univ. Kaiserslautem, Germany
Prof. George W. J. Fleet, Dyson Perrins Laboratory, University of Oxford, UK
Prof. Mathias Gautel, Muscle Cell Biology, The Randall Centre, King's College, London, UK
Prof. Pal Gergely, Dept. of Medical Chemistry, Univ. of Debrecen, Hungary
Prof. Athanassios Giannis, Institut fuer Organische Chemie, Univ. Leipzig, Germany
Prof. Dame Louise N. Johnson, F.R.S. Laboratory of Molecular Biophysics, University of Oxford, UK
Prof. Martin Karplus, Dept. of Chemistry and Chemical Biology, Harvard Univ., Cambridge, MA, USA
Prof. D. Loganathan, Dept. of Chemistry, Indian Institute of Technology, Madras, India
Prof. Alexander D. Mackerell, Jr., Computer-Aided Drug Design Center, School of Pharmacy, Univ. of Maryland, Baltimore
Dr. Josef Matousek, Inst. of Animal Physiology and Genetics, Academy of Sciences of the Czech Republic, Libechov, Chech Rebublic
Prof. P. Poucková, Dept. of Radiology, 1st Faculty of Medicine, Charles University, Prague, Czech Republic
Dr. E. Boix, Dept. of Biochemistry and Molecular Biology, Universitat Autonoma de Barcelona, Barcelona, Spain
Dr. S. Dasgupta, Dept. of Chemistry, Indian Institute of Technology, Kharagpur, India
Prof. T. B. Ng, Dept. of Biochemistry, The Chinese University of Hong Kong, Hong Kong, China
Dr. Jean-Pierre Praly, Claude-Bernard University, Lyon, France
Dr. Niovi Santama, Molecular Biology & Biochemistry Lab, Univ. of Cyprus, Nicosia
Prof. Laszlo Somsak, Dept. of Organic Chemistry, Univ. of Debrecen, Hungary
Dr. B.M. Swamy, Dept. of Biochemistry, Karnatak University, India
Prof. Andrea Vasella, Lab. for Organische Chemie, ETH-Zentrum, Zòrich, Switzerland
Dr. Matthias Wilmanns, Head of EMBL Outstation at the DESY, Hamburg, Germany,
Dr. Giuseppe Zagotto, Dept. of Pharmaceutical Sciences, University of Padova, Italy

Πρόσφατες Δημοσιεύσεις (με ατομικές συντεταγμένες)

Oikonomakos, N.G., Schnier, J.B., Zographos, S.E., Skamnaki, V.T., Tsitsanou, K.E., and Johnson, L.N. (2000). Flavopiridol inhibits glycogen phosphorylase by binding at the inhibitor site. J. Biol. Chem. 275, 34566-34573. {PDB code: 1C8K}

Oikonomakos, N.G., Skamnaki, V.T., Tsitsanou, K.E., Gavalas, N.G., and Johnson, L.N. (2000). A new allosteric site in glycogen phosphorylase b as a target for drug interactions. Structure 8, 575-584. {PDB code: 1C50}

Kontou, M., Leonidas, D.D., Vatzaki, E.H., Acharya, K.R., Mamalaki, A., Oikonomakos, N.G., and Tzartos, S.J. (2000). The crystal structure of a Fab fragment of a rat monoclonal antibody against the main immunogenic region of the human muscle acetylcholine receptor. Eur. J. Biochem. 267, 2389-2396. {PDB code: 1C5D}

Tsitsanou, K.E., Skamnaki, V.T., and Oikonomakos, N.G. (2000). Structural basis of the synergistic inhibition of glycogen phosphorylase a by caffeine and a potential antidiabetic drug. Arch. Biochem. Biophys. 384, 245-254. {PDB code: 1C8L}

Skamnaki, V.T., Oikonomakos, N.G. (2000). Kinetic characterization of the double mutant R148A/E182S of glycogen phosphorylase kinase catalytic subunit: the role of the activation loop. J. Protein Chem. 19, 499-505.

Poulas K, Eliopoulos E., Vatzaki E., Navaza J., Kontou M., Oikonomakos N., Acharya K.R., Tzartos S.J. (2001). Crystal structure of Fab198, an efficient protector of the acetylcholine receptor against myasthenogenic antibodies. Eur. J. Biochem., 268, 3685-93. {PDB code: 1FN4}

Oikonomakos, N.G., Skamnaki, V.T., Osz, E., Szilagyi, L., Somsak, L., Docsa, T., Toth, B. and Gergely, P. (2002). Kinetic and crystallographic studies of glucopyranosylidene spirothiohydantoin binding to glycogen phosphorylase b. Bioorg. Med. Chem. 10, 261-268. {PDB code: 1HLF}

Oikonomakos, N.G., Zographos, S.E., Skamnaki, V.T. and Archontis, G. (2002). The 1.76 A resolution crystal structure of glycogen phosphorylase b complexed with glucose, and CP320626, a potential antidiabetic drug. Bioorg. Med. Chem. 10, 1313-1319. {PDB code: 1H5U}

Oikonomakos, N.G., Kosmopoulou, M., Zographos, S.E., Leonidas, D.D., Chrysina, E.D., Somsak, L., Nagy, V., Praly, J.P., Docsa, T., Toth, B. and Gergely, P. (2002). Binding of N-acetyl-N'-beta-D-glucopyranosyl urea and N-benzoyl -N'-beta-D-glucopyranosyl urea to glycogen phosphorylase b: kinetic and crystallographic studies. Eur. J. Biochem. 269, 1684-1696. {PDB codes: 1K06, 1K08, 1KTI} Cover Story

Cook, A., Lowe, E.D., Chrysina, E.D., Skamnaki, V.T. Oikonomakos, N.G. and Johnson, L.N. (2002). Structural studies of Phospho-CDK2/Cyclin A bound to nitrate, a transition state analogue: Implications for the protein kinase mechanism. Biochemistry 41, 7301-7311. {PDB code: 1GY3}

Oikonomakos, N.G. (2002). Glycogen phosphorylase as a molecular target for type 2 diabetes therapy. Curr Protein Pept Sci. 3, 561-586. Cover Story

Oikonomakos N.G, Chrysina, E.D., Kosmopoulou, M.N. and Leonidas, D.D. (2003) Crystal structure of rabbit muscle glycogen phosphorylase a in complex with a potential hypoglycaemic drug at 2.0 ? resolution. (2003) Biochim. Biophys. Acta 1647, 325-332. {PDB codes: 1LWN, 1LWO}

Leonidas, D.D., Swamy, B.M., Bhat, A.G., Inamdar, S.R., Kosmopoulou, M.N., Chrysina, E.D., and Oikonomakos, N.G. (2003) Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of Sclerotium rolfssii lectin. Acta Cryst. D59, 363-365.

Chrysina, E.D., Oikonomakos, N.G., Zographos, S.E., Kosmopoulou, M.N., Bischler, N., Leonidas, D.D., Kov?cs, L., Docsa, T., Gergely, P., and Soms?k L. (2003) Crystallographic studies on alpha- and beta-D-glucopyranosyl formamide analogues, inhibitors of glycogen phosphorylase. Biocatal. & Biotransfor. 21, 233-242. {PDB codes: 1P4G, 1P4H, 1P4J}

Pinotsis, N., Leonidas, D.D., Chrysina, E.D., Oikonomakos, N.G., and Mavridis, I.M. (2003). The binding of beta- and gamma-cyclodextrins to glycogen phosphorylase b: kinetic and crystallographic studies. Protein Sci. 12, 1914-1924. Cover Story {PDB codes: 1P2G, 1P29, 1P2D, 1P2B}

Leonidas, D.D., Chabali, G.B., Chrysina, E.D., Kosmopoulou, M.N., Oikonomakos, N.G., Vlassi, M., Frankling, C. and Acharya, K.R. (2003). High resolution crystal structures of Ribonuclease A complexed with adenylic and uridylic nucleotide inhibitors. Implications for structure-based design of ribonucleolytic inhibitors. Protein Sci. 12, 2559-2574. Cover story {PDB codes: 1O0H, 1O0N, 1O0F, 1O0O}

Kosmopoulou, M.N., Leonidas, D.D., Chrysina, E.D., Bischler, N., Eisenbrand, G., Sakarellos, C.E., Pauptit, R., Oikonomakos, N.G. (2004). Binding of the potential antitumour agent indirubin-5-sulphonate at the inhibitor site of rabbit muscle glycogen phosphorylase b. Eur. J. Biochem. 271, 2280-2290. {PDB codes: 1UZU)

Chrysina, E.D., Kosmopoulou, M.N., Kardakaris, R., Bischler, N., Leonidas, D.D., Kannan, T., Loganathan, T., and Oikonomakos, N.G. (2005) Binding of b-D-glucopyranosyl bismethoxyphosphoramidate to glycogen phosphorylase b. Kinetic and crystallographic studies. Bioorg. Med. Chem. 13, 765-772. {PDB code:1XC7}

Chrysina, E.D., Kosmopoulou, M.N., Tiraidis, C., Kardakaris, R., Bischler, N., Leonidas, D.D., Hadady, Z., Somsak, L., Docsa, T., Gergely, P., and Oikonomakos, N.G. (2005). Kinetic and crystallographic studies on 2-(b-D-glucopyranosyl)-5-methyl-1, 3, 4-oxadiazole, -benzothiazole, and -benzimidazole, inhibitors of muscle glycogen phosphorylase b. Evidence for a new binding site. Protein Sci. 14, 873-888. {PDB codes: 1XL0, 1XL1, 1XKX}

Oikonomakos, N.G., Kosmopoulou, M.N., Chrysina, E.D., Leonidas, D.D., Kostas, I.D., Wendt, K.U., Klabunde, T., and Defossa, E. (2005) Crystallographic studies on acyl ureas, a new class of glycogen phosphorylase inhibitors, as potential antidiabetic drugs. Protein Sci.14, 1760-1771. {PDB codes: 1WUT, 1WVX, 1WV0, 1WV1}

Watson, K.A., Chrysina, E.D., Tsitsanou K.E., Zographos, S.E., Gregoriou, M., Archontis, G., Fleet, G.W.J., and
Oikonomakos, N.G. (2005) Kinetic and crystallographic studies of glucopyranose spirohydantoin and glucopyranosylamine analogues inhibitors of glycogen phosphorylase. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 61, 966-983. {PDB codes: 1GGN, 1FTQ, 1FTW, 1FTY, 1FU4, 1FU7, 1FU8, 1P4H, 1FS4, 1B4D, 1GG8, 2PRJ}

Archontis, G., Watson, K.A., Xie, Q., Andreou, G., Chrysina, E.D., Zographos, S.E., Oikonomakos, N.G., and Karplus, M. (2005) Molecular recognition and relative binding of glucopyranose spirohydantoin analogues to glycogen phosphorylase: a free energy perturbation study. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 61. 984-988.

Hatzopoulos, G.N., Leonidas, D.D., Kardakaris, R., Kobe, J., and Oikonomakos, N.G. (2005) The binding of IMP to ribonuclease A. FEBS J. 272, 3988-4001.

Kosmopoulou, M.N., Leonidas, D.D., Chrysina, E.D., Eisenbrand, G., and Oikonomakos, N.G. (2005) Indirubin-3'-aminooxy-acetate inhibits glycogen phosphorylase by binding at the inhibitor and the allosteric site. Broad specificities of the two sites. Letters in Drug Design & Discovery 2, 377-390 {PDB code: 1Z62}

Klabunde, T., Wendt, K.U., Kadereit, D., Brachvogel, V., Burger, H.-J., Herling, A.W., Oikonomakos, N.G., Kosmopoulou, M.N., Schmoll, D., Sarubbi, E., von Roedern, E., Sch?nafinger, K., and Defossa, E. (2005). Acyl Ureas as Human Liver Glycogen Phosphorylase Inhibitors for the Treatment of Type 2 Diabetes. J. Med. Chem. 48, 6178-6193.

Anagnostou, E., Kosmopoulou, M.N., Chrysina, E.D., Leonidas, D.D., Hadjiloi, T., Tiraidis, C., Zographos, S.E., Gyorgydeak, Z., Somsak, L., Docsa, T., Gergely, P., and Oikonomakos, N.G. (2006) Crystallographic studies on two bioisosteric analogues, N-acetyl-b-D-glucopyranosylamine and N-trifluoracetyl-b-D-glucopyranosylamine, potent inhibitors of muscle glycogen phosphorylase. Bioorg. Med. Chem. 14, 181-189. Cover illustration.

Lukacs, C.M., Oikonomakos, N.G., Crowther, R.L., Hong, L.-N., Kammlott, R.U., Levin, W., Li, S., Liu, C.-M., Lucas-McGady, D., Reik, L., and Pietranico, S. (2006). The crystal structure of human muscle glycogen phosphorylase a with bound glucose and AMP: an intermediate conformation with T-state and R-state features. Proteins 63, 1123-1126.

Hadjiloi, T., Tiraidis, C., Chrysina, E.D., Leonidas, D.D., Oikonomakos, N.G., Tsipos, P. and Gimisis, T. (2006). Binding of oxalyl derivatives of b-D-glucopyranosylamine to muscle glycogen phosphorylase b. Bioorg. Med. Chem. 14, 3872-3882. Cover illustration

Petsalakis, E.I., Chrysina, E.D., Tiraidis, C., Hadjiloi, T., Leonidas, D.D., Oikonomakos, N.G., Aich, U., Varghese, B. and Loganathan, D. (2006). Crystallographic studies on N-azidoacetyl-b-D-glucopyranosylamine, an inhibitor of glycogen phosphorylase: comparison with N-acetyl-b-D-glucopyranosylamine. Bioorg. Med. Chem. 14, 5316-5324.

He, L., Zang, Y.Z., Tanoh, M., Chen, G.-R., Praly, J.-P., Chrysina, E.D., Tiraidis, C., Kosmopoulou, M.N., Leonidas, D.D. and Oikonomakos, N.G. (2006). Synthesis of C-D-glycopyranosyl-hydroquinones and -benzoquinones. Inhibition of and binding to glycogen phosphorylase in the crystal. Eur. J. Org. Chem., in press.

Whittamore, P.R.O., Addie, M.S., Bennett, S.N.L., Birch, A.M., Butters, M., Godfrey, L., Kenny, P.W., Morley, A.D., Murray, P.M., Oikonomakos, N.G., Otterbein, L.R., Pannifer, A.D., Parker, J.S., Readman, K., Siedlecki, P.S., Schofield, P., Stocker, A., Taylor, M.J., Townsend, L.A., Whalley, D.P., and Whitehouse, J. (2006). Novel thienopyrrole glycogen phosphorylase inhibitors: synthesis, in vitro SAR and crystallographic studies. Bioorg. Med. Chem. Lett. 16, 5567-5571.

Leonidas, D.D., Maiti, T.K., Samanta, A., Dasgupta, S., Pathak, T., Zographos, S.E., and Oikonomakos, N.G. (2006). The binding of 3/-N-piperidine-4-carboxyl-3/-deoxy-ara-uridine to ribonuclease A in the crystal. Bioorg. Med. Chem. 14, 6055-6064.

Oikonomakos, N.G., Tiraidis, C., Leonidas, D.D., Zographos, S.E., Kristiansen, M., Jessen, C.U., Norskov-Lauritsen, L., and Agius, L. (2006). Iminosugars as potential inhibitors of glycogenolysis: structural insights into the molecular basis of glycogen phosphorylase inhibition. J. Med. Chem. 49, 5687-5701.

Birch, A.M., Kenny, P.W., Oikonomakos, N.G., Otterbein, L.R., Schofield, P., Whittamore, P.R.O., and Whalley, D.P. (2006). Development of potent, orally active 1-substituted-3,4-dihydro-2-quinolone glycogen phosphorylase inhibitors. Bioorg. Med. Chem. Lett., 17, 394-399.

Hampson, L.J., Arden, C., Agius, L., Ganotidis, M., Kosmopoulou, M.N., Tiraidis, C., Elemes, Y., Sakarellos, C., Leonidas, D.D., and Oikonomakos, N.G. (2006). Regulation of hepatic glycogen metabolism by purine nucleoside site inhibitors of glycogen phosphorylase. Bioorg. Med. Chem. 14, 7835-7845

Polydoridis, S., Leonidas, D.D., Oikonomakos, N.G., and Archontis, G.A. (2007).Recognition of Ribonuclease A by 3 '-5'-Pyrophosphate-linked Dinucleotide Inhibitors: a Molecular Dynamics/Continuum Electrostatics Analysis. Biophys. J. 92, 1659-1672

He, L., Zang, Y.Z., Tanoh, M., Chen, G.-R., Praly, J.-P.,Chrysina, E.D., Kosmopoulou, M.N., Leonidas, D.D., and Oikonomakos, N.G. (2007).In the Search of Glycogen Phosphorylase Inhibitors: Synthesis of C-D-Glycopyranosyl-benzo(hydro) quinones. Inhibition of and binding to glycogen phosphorylase in the crystal. Eur. J. Org. Chem. 596-606.

Leonidas, D.D., Swamy, B.M., Hatzopoulos, G.N., Gonchigar, S.J., Chachadi, V.B., Inamdar, S.R., Zographos, S.E., and Oikonomakos, N.G.(2007).Structural basis of the carbohydrate recognition of the Sclerotium rolfsii lectin. J. Mol. Biol. 368, 1145-1161

Pantelidou, M., Zographos, S.E., Lederer, C.W., Kyriakides, T., Pfaffl, M.W., and Santama, N. (2007).Differential expression of molecular motors in the motor cortex of sporadic ALS. Neurobiol. Dis. 26, 577-589