Στο πλαίσιο του Προγράμματος διεξάγεται επί σειρά ετών υπό τη διεύθυνση του Βασίλη Παναγιωτόπουλου το αυτοτελές επιστημονικό έργο μεταγραφής και σχολιασμένης έκδοσης του Αρχείου Αλή Πασά. Την περίοδο 2007-2009 εκδόθηκε με τη συνεργασία των Παν. Μιχαηλάρη και Δημ. Δημητρόπουλου σε 4 ογκώδεις τόμους, το ανήκον στη Συλλογή Ι. Χώτζη τμήμα του Αρχείου, που φυλάσσεται στη Γεννάδειο Βιβλιοθήκη. Το επόμενο διάστημα προγραμματίζεται η συνέχιση της ερευνητικής δραστηριότητας με την έκδοση αρχειακών τεκμηρίων που φυλάσσονται στα ΓΑΚ και στο Μουσείο Μπενάκη, με την επιστημονική επιμέλεια του Βασίλη Παναγιωτόπουλου. Από το 2010 επιστημονικός υπεύθυνος του έργου είναι ο Παναγιώτης Μιχαηλάρης, με τη συνεργασία του Δημήτρη Δημητρόπουλου. Στο έργο μετέχουν επίσης οι εξωτερικές συνεργάτριες του ΙΝΕ Ανδρομάχη Μαρούδα και Βάλλια Ράπτη.
