Οι εκδόσεις του ΚΕΡΑ περιλαμβάνουν μελέτες που προκύπτουν από τα Προγράμματα του Ινστιτούτου και οι οποίες δημοσιεύονται κατά κανόνα στη σειρά ΜΕΛΕΤΗΜΑΤΑ, η οποία εκδίδεται από το ΚΕΡΑ και αριθμεί ήδη 40 τόμους. Πρόσφατα εγκαινιάσθηκε μία νέα σειρά, στην οποία θα δημοσιεύονται κυρίως μονογραφίες αρχαιολογικού περιεχομένου και στην οποία κυκλοφόρησαν ήδη δύο τόμοι.