Στους στρατηγικούς στόχους του ΚΕΡΑ περιλαμβάνονται κυρίως περιοχές της περιφέρειας του Eλληνισμού και εποχές σχετικά πρώιμες ή όψιμες, οι οποίες δεν έχουν μέχρι σήμερα επαρκώς μελετηθεί, έχουν δε καταρτισθεί τρία γεωγραφικώς καθορισμένα ερευνητικά προγράμματα, τα οποία είναι τα ακόλουθα:
