Στους στρατηγικούς στόχους του Κ.Ε.Ρ.Α. περιλαμβάνονται κυρίως περιοχές της περιφέρειας του Eλληνισμού και εποχές σχετικά πρώιμες ή όψιμες, οι οποίες δεν έχουν μέχρι σήμερα επαρκώς μελετηθεί, έχουν δε καταρτισθεί τρία γεωγραφικώς καθορισμένα ερευνητικά προγράμματα, τα οποία είναι τα ακόλουθα: